VIRUS SHAMONDA : un virus animal émergent qui suscite une vigilance scientifique international

Longtemps considéré comme un virus exclusivement associé à la santé animale, le virus Shamonda fait aujourd'hui l'objet d'une attention particulière de la communauté scientifique. Identifié pour la première fois en Afrique dans les années 1960, cet agent viral transmis principalement par des insectes piqueurs circule chez plusieurs espèces animales. Sa récente détection en Europe et, pour la première fois, chez un être humain en France en octobre 2026 relance les interrogations sur son potentiel zoonotique.

1. Qu'est-ce que le virus Shamonda ?

Le virus Shamonda (SHAV) appartient à la famille des Peribunyaviridae, au genre Orthobunyavirus et au sérogroupe Simbu.

Il s'agit d'un virus à ARN simple brin segmenté, enveloppé, génétiquement apparenté au virus de Schmallenberg, connu pour provoquer des troubles reproductifs chez les ruminants.

Il a été isolé pour la première fois chez des bovins au Nigeria en 1965. Depuis, sa présence a été rapportée dans différentes régions d'Afrique ainsi qu'au Japon. En 2026, une nouvelle lignée virale a été détectée dans plusieurs pays européens, marquant une évolution importante de sa distribution géographique.

2. Mode de transmission : quel rôle jouent les insectes vecteurs ?

La transmission du virus Shamonda repose principalement sur un mécanisme vectoriel.

Le virus est transmis entre animaux par des insectes piqueurs appartenant au genre Culicoides, de petits moucherons hématophages qui se nourrissent du sang des animaux infectés.

Après ingestion du virus lors d'un repas sanguin, ces insectes peuvent contribuer à sa transmission à d'autres animaux.

Le virus n'est pas connu pour se transmettre directement d'un animal à l'autre. Une transmission verticale, de la mère au fœtus pendant la gestation, peut également intervenir.

Les espèces de Culicoides responsables de sa transmission restent encore à préciser, notamment dans les foyers européens récents.

3. Quelles espèces animales sont concernées ?

Le virus Shamonda touche principalement les ruminants, notamment :

- Les bovins, considérés comme les principaux hôtes animaux ;

- Les ovins ;

- Les caprins.

Des détections ont également été rapportées chez les chevaux et les alpagas.

Chez les animaux infectés, les manifestations cliniques peuvent varier selon l'espèce et les conditions d'infection.

4. Manifestations cliniques et conséquences sur la santé animale

Chez les bovins, l'infection peut provoquer des manifestations systémiques généralement transitoires, notamment :

- Une fièvre ;

- Une diarrhée ;

- Une diminution de l'activité et de l'appétit ;

- Une baisse de la production laitière.

Des troubles neurologiques ont également été observés chez certains équidés présentant une infection confirmée.

Les conséquences sur la reproduction et le développement fœtal constituent un autre point de vigilance. Des anomalies congénitales ont notamment été rapportées avec des virus apparentés du sérogroupe Simbu. L'ampleur exacte des effets propres au virus Shamonda sur la gestation et le développement fœtal nécessite encore des investigations.

Au-delà des manifestations cliniques, sa circulation peut entraîner des conséquences économiques pour les élevages, notamment en raison de la diminution de la production et des éventuels troubles de la reproduction.

5. Diagnostic virologique : comment détecter le virus ?

La confirmation de l'infection repose essentiellement sur les techniques de biologie moléculaire.

La RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) constitue l'une des principales méthodes utilisées pour détecter le matériel génétique viral dans les prélèvements biologiques.

Le séquençage génomique permet également de caractériser les souches virales, d'étudier leurs relations génétiques et de suivre leur évolution géographique.

La surveillance biologique est particulièrement importante, car les manifestations cliniques peuvent être confondues avec celles d'autres infections animales, notamment la fièvre catarrhale ovine ou d'autres maladies virales affectant les ruminants.

6. Existe-t-il un traitement ou un vaccin ?

À ce jour, aucun traitement antiviral spécifique ni vaccin commercialisé contre le virus Shamonda n'est disponible.

La prévention repose principalement sur la maîtrise des insectes vecteurs et le renforcement des mesures de biosécurité dans les élevages.

Cela comprend notamment la limitation de l'exposition des animaux aux moucherons piqueurs, la surveillance sanitaire des troupeaux et l'investigation rapide de tout foyer suspect.

7. Une première infection humaine détectée en France en 2026

Un événement inédit a marqué l'actualité virologique en octobre 2026 : la France a signalé le premier cas humain documenté d'infection par le virus Shamonda.

Il s'agit d'un homme âgé présentant une immunodépression sévère, pris en charge pour une pathologie grave et ayant développé une encéphalite avant son décès.

La présence du virus a été confirmée par des analyses moléculaires et le séquençage métagénomique.

L'origine exacte de la contamination n'est pas encore établie. La transmission par piqûre d'un insecte vecteur infecté constitue une hypothèse privilégiée, mais d'autres voies font encore l'objet d'investigations.

Aucune transmission interhumaine n'a été démontrée à ce jour. Les autorités sanitaires françaises indiquent qu'aucun risque sanitaire pour la population générale n'est identifié au regard des connaissances disponibles. L'OMS souligne toutefois que les données restent insuffisantes pour évaluer précisément le risque potentiel chez l'être humain.

Cette observation exceptionnelle souligne l'importance de poursuivre les recherches sur le comportement du virus et son éventuel potentiel zoonotique.

8. Le virus Shamonda et l'approche One Health

L'évolution de la distribution géographique du virus Shamonda rappelle l'importance d'une surveillance intégrée des maladies infectieuses émergentes.

L'approche One Health (Une seule santé) repose sur la coordination entre la santé humaine, la santé animale et la santé environnementale.

Dans le cas du virus Shamonda, cette démarche implique :

- La surveillance virologique des élevages ;

- L'identification et l'étude des insectes vecteurs ;

- Le suivi des souches virales et de leurs variations génétiques ;

- Le renforcement des capacités diagnostiques des laboratoires ;

- Le partage des données entre les autorités vétérinaires et sanitaires.

L'évolution des conditions climatiques, les déplacements des insectes vecteurs et les modifications de leur répartition géographique constituent également des facteurs à surveiller dans l'étude des maladies vectorielles émergentes.